MOLEKÜLER BİYOLOJİ LABORATUVARI

REAL-TIME PCR

Çalışma Prensibi

Real-time PCR yöntemi, nükleik asit amplifikasyonu ile eş zamanlı olarak artış gösteren floresan sinyalinin ölçülmesiyle, kantitatif sonuç alınabilen bir PCR yöntemidir.

Spesifik olmayan çift zincirli DNA’nın çoğaltımında “SYBR Green I” yöntemi kullanılır.

“TagMan® probe” yöntemi çoğaltılmak istenilen DNA’ya komplementer olan ve floresan işaretlenmiş tek zincirli bir prob içerir.

Moleküler boncuk yönteminde; Moleküler boncuk hedef nükleik asit dizisi ile hibridize olur olmaz boncuk molekü- lünün yapısı değiştiğinden ve boyalarda birbirlerinden uzaklaştığından floresan miktarı artar. Bu teknikte oluşan floresanın ölçümüne dayanmaktadır.

Hibridizasyon prob yöntemi Roche tarafından “LightCycler®” PCR cihazında kullanılmak üzere geliştirilmiştir. İki farklı prob dizayn edilmiştir. 3’ ucunda floresans işaretli boya (donor), 5' ucunda alıcı boya (acceptor) bulunmaktadır. PCR reaksiyonu sırasında bu iki prob hedef nükleik asit dizisine bağlanıp birbirine yaklaştığında bir enerji yayılımı olur (FRET: Fluorescence Resonance Energy Transfer). Enerji “donor” boyadan “acceptor” boyaya transfer olur. Bu enerji transferi sonucunda oluşan floresans miktarı PCR süresince oluşan ürün miktarı ile doğru olarak artar.

Uygulama Alanları

Biyolojik örneklerden elde edilen DNA’nın kopya sayısını sayısal değerlere dönüştürme ve mRNA’nın düzeyini sayısal olarak belirleyebilme en çok kullanılan alanlarını oluşturmaktadır. Bu amaçlarla kullanımının yanı sıra tek nokta mutasyonlarını belirleme, patojen belirleme, DNA hasarı belirleme, metilasyon tespiti, SNP analizi, kromozom bozukluklarının tespiti gibi çalışmalarda da kullanım alanları mevcuttur.

THERMAL CYCLER

Çalışma Prensibi

Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), in vitro koşullarında DNA dizilerinin çoğaltılması esasına dayanmaktadır. PCR; basit, spesifik ve hassas bir tekniktir.

PCR tekniği, temelde üç aşamadan oluşmaktadır. DNA Zincirinin Açılması (Denaturation), Primerlerin Açılan DNA Zincirlerine Yapışması (Annealing), Primer Uzaması (Primer Extesion).

Uygulama Alanları

PCR yaygın olarak tıbbi ve biyolojik araştırma laboratuvarlarında kalıtsal hastalıkların teşhisi, genetik parmak izlerinin tanımlanması, bulaşıcı hastalıkların teşhisi, genlerin klonlanması, babalık testi ve DNA hesaplaması gibi değişik konularda yaygın bir şekilde kullanılmaktadır.

IN VITRO BİYOUYUMLULUK LABORATUVARI

xCelligence (Gerçek Zamanlı Hücre Analiz Sistemi)

Sistem hücre kültürü E-Plate’lerinin zeminine yarleştirilmiş mikro-elektrodlar sayesinde elektriksel empedans ölçer. Empedans ölçümü hücre sayısı, canlılığı, morfolojisi ve hareketi dahil hücrelerin biyolojik durumu hakkında kantitatif bilgi verir. xCELLigence sistemleri ile son nokta metodlarıyla elde edilmesi mümkün olmayan bir veri elde edilebilmektedir.

Inverted Mikroskop

Motorlu z-odak, motorlu ve 7x burunluğunu, tam otomatik iletilen ışık ekseni kodlu ve tamamen 5x veya 8x floresan ekseni vardır. Tam otomatik Diferansiyel Girişim Kontrastına sahiptir. Motorlu Z sürücü otomatik parfocality ayarlama, kaydedilen odak düzeyleri, ve Z düzeyleri otomatik konumlandırmada kolaylık sağlar.

DOKU BİLİMLERİ LABORATUVARI

Laboratuvarımızda her tip dokunun ThermoScientificExcelsior ES Tam Otomatik Kapalı Doku Takip Cihazı’nda takibi yapılmaktadır. Tam Otomatik Kapalı Doku Takip Cihazımız biyopsi ve sistemik doku örneklerinin takip edilmesini sağlayan vakumlu ve tam kapalı özelliğe sahiptir. Bu cihaz ile 1 saat- 7gün süreli ve formaldehitle tespit aşamasını içeren tüm otomatik programlama özelliği bulunmaktadır. 3 farklı seviyede toplam 300 kasedi aynı anda takip edebilmektedir.

Takip edilen dokular Thermo Histostar Histocentre cihazında parafine bloklanmaktadır. Histostar; parafin emdirilmiş dokuların kesit alınmak üzere parafine gömülmesi ve soğutma işlemini gerçekleştirir. 56-58°C ‘ye ayarlanmış sıcak plaka ve elektrikli froses ile ayrı bir soğuk plaka ünitesinden oluşur.

Parafin bloklar haline getirilen dokulardan istenilen kalınlıkta kesitler Leica- RM 2255Tam Otomatik Rotary Mikrotom’da alınmaktadır. Tam otomatiktir. Parafin ve reçineye gömülmüş dokulardan motorize kesit almak için tasarlanmıştır. Motorlu ve manuel bölümleri mevcuttur.

Leica CM1850UV Soğutmalı Mikrotom. Bu cihaz; deneysel araştırmalar sırasında alınmış taze dokulardan 5-10 µm kalınlığında doku kesitleri almak için kullanılır. Bilimsel araştırmalarda doku fiksasyon aşaması olmaksızın histolojik kesitler alınabilir. Dondurma yöntemiyle kısa zamanda numune sağlar. Operatör güvenliği için kısa sürede ve etkin bir şekilde UV ile dezenfeksiyon sağlar. Nano-Ag kaplama sayesinde yüzey patojenlerine karşı koruma sağlar.

PriorTissue Microarray histolojik örneklerin tek bir slide üzerinde tüm bilgiyi toplayarak kolay bir şekilde analiz edilmesini sağlar. Ayrıca doku mikroarray sistemi genetik markırların veya çok sayıdaki örneğin protein yapısını izlemek için de çok anlamlıdır.50-500 doku tek bir blok üzerine alınıp tek bir lamda değerlendirilebilir. Yüksek verimliliği vardır ve nispeten düşük fiyatlıdır. Farklı tipte boyamalar yapılabilmektedir.

STEREOLOJİ LABORATUVARI

Leica 5000B Floresan Ataşmanlı Araştırma Mikroskobu canlı hücre analizi ve hücre morfolojisi çalışmaları için kullanılmaktadır. Otomatiktir. Manuel odaklama, tam otomatik iletilen ışık ekseni ve floresan eksenini otomatik olarak sağlar. Otomatik aydınlık, karanlık alan, faz kontrast ve polarizasyona ek olarak, tam otomatik diferansiyel girişim kontrastına (DIC) sahiptir. Motorlu floresan ekseni ve özel yazılımı ile sabit hücreleri, canlı hücreleri ve dokuları içeren gelişmiş bir alanda floresan uygulamalar için kullanılmaktadır.

Laboratuvarımızda Leica DM 4000B LED mikroskop ve MBF bioscience bulunmaktadır. Stereolojik çalışmalarda önem taşıyan hücre sayısı, hücre uzunluğu ve hücre hacminin tespit edilmesi bu sayede mümkün olmaktadır. Bu cihazla araştırma amaçlı veya tıp eğitiminde kullanılmak üzere doku örneklerinin slayt görüntüleri elde edilebilmekte, 2 ve 3 boyutlu dijital rekonstrüksiyon sağlanmaktadır.

HÜSEYİN AYTEMİZ DENEYSEL ARAŞTIRMA VE UYGULAMA LABORATUVARI

Laboratuvarımızda; Tıp Fakültesi, Veteriner Fakültesi, Fen Fakültesi ve Diş Hekimliği Fakültesi’nden araştırmacılara; hayvan temini ve bakımı, ötenazi, nekropsi ve diğer in vivo uygulamalarında alt yapı olanakları sunulmaktadır.

Laboratuvarımızda fare, rat, hamster, kobay ve tavşanlarla çalışma yapılabilmektedir. Deney hayvanı bakımı, ötenazi, nekropsi, anestezi (gaz ve katı) ve ameliyathane kullanımı hizmeti verilmektedir.

 

IN VIVO BİYOUYUMLULUK LABORATUVARI

Laboratuvarımız bünyesinde aşağıdaki testler yapılmaktadır:

Deneyi Yapılan Malzemeler/Ürünler	Deney Adı	Deney Metodu (Ulusal, uluslararası standartlar, işletme-içi metodlar)
Çözünebilir Biyomateryaller, Metal, Seramik, Nanopartiküller, İlaç, Tıbbi cihaz, Gıda Destek Malzemesi	Akut Sistemik Toksisite Testi	TS EN ISO 10993-11
Çözünebilir Biyomateryaller, Metal, Seramik, Nanopartiküller, İlaç, Tıbbi cihaz, Gıda Destek Malzemesi	Subakut Sistemik Toksisite Testi	TS EN ISO 10993-11
Çözünebilir Biyomateryaller, Metal, Seramik, Nanopartiküller, İlaç, Tıbbi cihaz, Gıda Destek Malzemesi	Subkronik Sistemik Toksisite Testi	TS EN ISO 10993-11
Çözünebilir Biyomateryaller, Metal, Seramik, Nanopartiküller, İlaç, Tıbbi cihaz, Gıda Destek Malzemesi	İritasyon ve Derialtı Reaksiyon Testi	TS EN ISO 10993-10
Çözünebilir Biyomateryaller, Metal, Seramik, Nanopartiküller, İlaç, Tıbbi cihaz, Gıda Destek Malzemesi	Deri Sensitizasyon Testi	TS EN ISO 10993-10
Çözünebilir Biyomateryaller, Metal, Seramik, Nanopartiküller, İlaç, Tıbbi cihaz, Gıda Destek Malzemesi	İmplantasyon Testi (1-6 Hafta) tavşan	TS EN ISO 10993-6
Çözünebilir Biyomateryaller, Metal, Seramik, Nanopartiküller, İlaç, Tıbbi cihaz, Gıda Destek Malzemesi	İn Vivo Akut Göz İrritasyon	TS EN ISO 10993-11
Çözünebilir Biyomateryaller, Metal, Seramik, Nanopartiküller, İlaç, Tıbbi cihaz, Gıda Destek Malzemesi	Mukoza irritasyon testi	TS EN ISO 10993-11
Çözünebilir Biyomateryaller, Metal, Seramik, Nanopartiküller, İlaç, Tıbbi cihaz, Gıda Destek Malzemesi	Pirojenite testi	TS EN ISO 10993-11

ÇEVRE ANALİZ LABORATUVARI

ICP-OES, birçok numunenin eser elementlerin analizi için kullanılan popüler tekniklerden biridir. Numunenin, yaklaşık 6000 – 10000 °C sıcaklıktaki plazmaya püskürtülmesi ile gaz fazına geçerek uyarılan atomların yaptıkları emisyonun ölçümüne dayanır.

PETROL ANALİZ LABORATUVARI

 Akaryakıt ürünlerini analiz amacıyla kurulmuş olan Petrol Analiz Laboratuvarımızda motorin ve benzin başta olmak üzere biyodizel, fueloil ve madeni yağ akaryakıt ürünlerinde TSE, EN, ASTM ve ISO standartlarına uygun olarak, analizler yapılmaktadır.

KİMYASAL ANALİZ- SPEKTRAL ANALİZ LABORATUVARI

FOURIER DÖNÜŞÜMLÜ INFRARED SPEKTROSKOPİSİ (FTIR)

UV-VIS SPEKTROSKOPİSİ

RAMAN SPEKTROSKOPİSİ

PARÇACIK BOYUTU VE ZETA  POTANSİYEL ÖLÇÜM CİHAZI

TERMAL ANALİZ LABORATUVARI

ATOMİK ABSORBSİYON CİHAZI (AAS)

AAS kimyasal işlem laboratuvar analizlerinde kullanıldığı gibi, su kirliliği, toprak kirliliği ve hava kirliliğine neden olan elementlerin limit miktarları doğrultusunda uyumluluk analizleri için de kullanılmaktadır.

ELEMENTEL ANALİZ CİHAZI ( C, H, N, S, O )

Üretilen malzemelerin C, H, N, S, O seviyelerinin belirlenmesinde kullanılmaktadır. 

KROMATOGRAFİ LABORATUVARI

BET YÜZEY ALANI VE GÖZENEK TAYİN CİHAZI (BET)

Malzemelerin yüzey ve gözenek karakterizasyonu için BET yüzey alanı ve gözenek tayin cihazı kullanılmaktadır. 

 

YÜKSEK PERFORMANSLI SIVI KROMATOGRAFİSİ ( HPLC)

Kromotografik ayırım, miktarlama, saflaştırma ve farklı kapasitelerde biyokütle üretimi işlemlerinde HPLC cihazı kullanılmaktadır.

GAZ KROMATOGRAFİSİ-KÜTLE SPEKTROMETRESİ  (GC-MS)

GC/MS, GC (Gaz Kromatografi) ve MS (Kütle Spektrometresi) ünitelerinin beraber çalıştığı yapı analizi ve miktar tayininde kullanılan cihazdır.

ELEKTRON MİKROSKOP LABORATUVARI

GEÇİRMELİ ELEKTRON MİKROSKOBU (TEM-300kV)

TARAMALI ELEKTRON MİKROSKOBU (SEM-30kV)